میکروبیولوژی مواد غذایی:

این بخش از میکروبیولوژی، امروزه کاربرد زیادی دارد که به بررسی تولید مواد غذایی با بهره‌گیری از میکروب‌های مفید می‌پردازد. میکروارگانیسم‌ها تغییرات مطلوب و نامطلوب در مواد غذایی پدید می‌آورند. از طرف دیگر تهیه بسیاری از فرآورده‌های غذایی بدون کمک میکروارگانیسم‌ها، امکان‌پذیر نیست مانند کلم‌شور، زیتون رسیده، پنیر و … . اسیدهای حاصل توسط میکروارگانیسم‌ها و اضافه کردن آن‌ها به مواد غذایی مانند خیارشور آن‌ها را از گزند میکروارگانیسم‌های نامطلوب حفظ می‌کند.

میکروبیولوژی صنعتی:

به بررسی استفاده از میکروب‌های مفید در تولید مواد صنعتی مانند اسیدها، کودها، رفع آلودگی‌های محیط زیست، شناخت آفات گیاهی و راه‌های مقابله با آن‌ها، استخراج فلزات سنگین، تصفیه نفت و موارد دیگر می‌پردازد.

میکروبیولوژی خاک

خاک یکی از مخازن عمده میکروارگانیسم‌ها محسوب می‌شود. فراوان‌ترین میکروارگانیسم‌ها در خاک، باکتری‌ها هستند. خاک باغچه در هر گرم محتوی میلیون‌ها باکتری است. در جاهای عمیق تعداد آن‌ها کاهش می‌یابد. قارچ‌ها به تعداد کمتر از باکتری‌ها در خاک یافت می‌شوند. شاید مهمترین نقش میکروارگانیسم‌های خاک، شرکت آن ها در چرخه‌های بیوژئو شیمیایی است که به گردش برخی عناصر شیمیایی در طبیعت کمک کرده و آن‌ها را قابل مصرف می‌سازد. میکروبیولوژیست‌ها در این زمینه تحقیقات زیادی انجام داده‌اند.

میکروبیولوژی آب

در میکروبیولوژی آب، میکروارگانیسم‌ها و فعالیت آن‌ها در آب‌های طبیعی نظیر دریاچه‌ها، برکه‌ها، رودخانه‌ها و دریاها مورد مطالعه قرار می‌گیرد و میکروارگانیسم‌های مفید و مضر برای انسان و سایر جانداران شناسایی می‌شوند.